De pH van de ontlasting is normaal gesproken neutraal of licht alkalisch (6,8 - 7,5). Zuurdere ontlasting, alleen fysiologisch bij pasgeborenen, kan duiden op darminfecties (Escherichia coli, Rotavirus) of spijsverteringsstoornissen, zoals lactose- of vetintolerantie (steatorroe als gevolg van pancreasinsufficiëntie of galstasis).
De pH van de ontlasting wordt beïnvloed door de voedingsgewoonten van de proefpersoon; Zo maken diëten die te rijk zijn aan vlees en zuivelproducten de ontlasting meer alkalisch. De rottende bacteriële darmflora vernietigt in feite de aminozuren die aan absorptie zijn ontsnapt, waardoor giftige en stinkende aminen worden gegenereerd; bijgevolg heeft de pH van de ontlasting de neiging om te stijgen als gevolg van de verhoogde productie van ammoniak. Het is dan ook geen toeval dat een te alkalische fecale pH, vergezeld van een verlaging van de vetzuren met een korte keten (zie butyraat), in verband wordt gebracht met een verhoogd risico op colorectale kankers.
Als de pH van de ontlasting de neiging heeft te stijgen in aanwezigheid van rottende dysbiose, heeft deze de neiging te dalen in aanwezigheid van fermentatieve dysbiose, waarvan de oorzaken te vinden zijn in de overmatige inname van koolhydraten of in een slechte opname ervan ( coeliakie). Zelfs in aanwezigheid van een "overvloedige inname van lipiden, in vegetarische diëten en bij langdurig vasten, wordt de pH van de ontlasting zuur.
Om te voorkomen dat de testresultaten worden verstoord, mag de ontlasting niet verontreinigd zijn met urine en moet deze snel worden gekoeld om te voorkomen dat urinaire ammoniak en rottingsbacteriën de fecale pH alkalisch maken.