Pathogenese onderzoekt de ontwikkeling van een ziekte en de keten van gebeurtenissen die ermee gepaard gaan, die stap voor stap morfofunctionele veranderingen bepalen van de cellen en weefsels die tot de aangetaste organen behoren. Deze veranderingen kunnen worden veroorzaakt door chemische, fysische of biologische agentia (virussen, bacteriën, enz.).
We zouden pathogenese daarom kunnen definiëren als het mechanisme waarmee een etiologisch agens (causaal agens, bijvoorbeeld een bacterie of een straling) de ziekte bepaalt. Het is geen toeval dat de term pathogenese is afgeleid van de vereniging van de Griekse woorden pathos, "ziekte", bijv Genesis, "creatie".
Terwijl etiologie de oorzaken definieert, bestudeert pathogenese de gevolgen.
Bij het lezen van medische teksten kunnen we daarom termen tegenkomen als: microbiële pathogenese, inflammatoire pathogenese, virale pathogenese, kwaadaardige pathogenese (neiging van een ziekte, meestal tumor, om progressief te verergeren totdat deze potentieel dodelijk wordt). Veel ziekten herkennen verschillende oorzakelijke factoren (multifactoriële etiologie) en nog talrijker zijn die welke worden gekenmerkt door verschillende evolutionaire mechanismen (meervoudige pathogenese).